La chiesa di San Giacomo Apostolo era di proprietà dell'antico ospedale di San Giovanni Rotondo, della cui esistenza si ha certezza almeno fin dal 1304. Alla chiesa è legato anche l'omonimo Monte Frumentario di San Giacomo,  funzionante fino all'anno 1875. Nel 1718 essa venne assegnata a due  Gesuiti che vi costituirono la Congregazione di Maria SS. della Purità, la quale ottenne l'assenso Regio il 25 febbraio 1764. I fratelli congregati provvidero subito ad ingrandire la chiesa, demolendo alcune case di proprietà dell'Ospedale. Le moltissime oblazioni raccolte dalla Congregazione a seguito della esposizione al pubblico culto di una statua di San Pasquale Baylon fecero scattare un ricorso a Roma dei padri francescani. La disputa si risolse con il riconoscimento a questi ultimi del diritto di questuare e di fare la processione nel giorno dedicato a S. Pasquale.

Il 6 novembre del 1860  in questa chiesa si insediò un "Consiglio subitaneo di guerra" del nuovo Governo unitario, che vi emise una feroce sentenza di condanna a morte nei confronti di tredici sangiovannesi riconosciuti colpevoli di eccitamento alla guerra civile ed altro durante la reazione borbonica del mese di ottobre del 1860, culminata con l'uccisione di ventiquattro concittadini liberali.